Man unterscheidet zwischen verschiedenen Arten der Beschneidung: Bei der "Sunna"-Beschneidung wird die Klitorisspitze entfernt. Diese Amputation wird jedoch nur selten angewendet, da sie als zu mild und daher als uneffektiv erachtet wird. Bei der Exzision werden neben der Klitoris auch noch mehr oder weniger große Teile der inneren Schamlippen amputiert - je nach Geschicklichkeit der Operateurin und dem Widerstand des Kindes. Die am häufigsten angewendete Form ist jedoch die Infibulation, die komplette Entfernung der inneren und äußeren Schamlippen sowie der Klitoris. Die Wunde wird anschließend mit Akaziendornen verschlossen oder mit Katzen- oder Schafsdarm vernäht.

Die Operation wird selten von Ärzten, sondern meist von älteren Frauen oder Hebammen durchgeführt, die mehr oder weniger geeignete Werkzeuge dazu benutzen: kleine Messer aus Stahl oder Stein, Rasierklingen, Glasscherben oder Deckel von Konservendosen. Nicht selten kommt es dabei zu lebensgefährlichen Blutungen und Wundinfektionen, und die Frauen leiden ihr Leben lang an Schmerzen. Besonders bei infibulierten Frauen reicht die verbleibende Vaginalöffnung, die manchmal nicht größer als ein Streichholzkopf ist, oft nicht aus, um Menstruationsblut und Urin durchzulassen.

Nicht selten sterben Frauen oder ihre Babys bei der Geburt auf Grund von schwierigen Komplikationen. Vor der Geburt müssen die Frauen aufgeschnitten werden, anschließend werden sie wieder zugenäht. Im schlimmsten Fall erleben die Frauen also viele Male im Leben das schmerzhafte Trauma.